NGS데이터분석 강의 스케쥴

숭실대학교 의생명시스템학부 4학년 강좌: 2018년 1학기, 2017년 1학기, 2016년 2학기

집에서 리눅스 실행을 위해서는 가상머신을 이용하길 권함 (사용법)

고화질 동영상 vimeo	주차^[1] 유투브	학습 주제^[2]	수업내용	온라인 수강 마감일^[3]
a b	1 a, b	시퀀싱 기술의 발달	생거시퀀싱과 NGS 발전	9/11
a b c d	2	차세대 염기서열 분석법 원리	Illumina Solexa, Ion Torrent, PacBio SMRT, Oxford Nanopore	9/18
a b	3	NGS 데이터 구조와 형식	FASTQ, Quality, SRA/ERA	9/25
a	4	NGS 데이터 정도 관리	FastQC, ngsShort	10/2
a b	5	NGS 데이터 게놈 매핑	BWA, sam/bam, samtools	10/9
a b	6	NGS 변이 데이터 가시화	결실/삽입 부위 확인	10/16
a	7	NGS 데이터 변이 발굴	mpileup, genotype likelihood	10/23
a	8	중간고사 전 정리		10/30
a b	9	Unmapped reads 조립	SOAPdenovo 활용한 조립	11/6
a b	10	Unmapped 서열 주석 달기	조립된 컨티그의 유전자 확인	11/13
a	11	Exome-seq 및 체세포변이 발굴	인간 엑솜 데이터 변이 분석	11/20
a b	12	인간 VCF의 변이 기능적 해석	Ensembl VEP를 이용한 변이 확인	11/27
a b c	13	RNA-seq의 원리 및 발현 분석	Differentially expressed genes	12/4
a	14	ChIP-seq의 원리 및 종류	DNA methylation 및 히스톤 코드	12/11
a b	15	기말고사 전 총정리		12/15

동영상은 에서 “NGS데이터분석”을 검색하여 시청할 수 있음. 단 출석 인정 안됨.

동일한 동영상의 고화질 버전을 vimeo를 통하여 제공함.

본 강좌는 NGS 데이터를 분석하기 위한 각 단계별 내용을 이론 및 실습을 통해 익힌다.

모든 핵심 이론 및 실습은 동영상으로 제공되며, 오프라인 수업에서는 온란인 실습에서 이해하기 어려웠던 내용이나, 실습 시 애로 사항을 질의 응답하거나 개선점을 찾아보는 방식으로 진행됨. 따라서 온라인 수업을 성실히 하지 않으면 오프라인 강좌는 큰 의미가 없다. 이러한 수업 방식은 flipped learning이라고 함.

[1] 각 링크를 클릭하면 강좌별 유투브 동영상을 검색함. 각 강좌는 3~4개의 파트로 나뉘어져 있음.

[2] 강의록은 구글 드라이브 문서 형태로 제공되며 이를 자기 구글드라이브에 저장한 후 (로그인 필요), 구글 문서편집기로 열면 이를 편집할 수 있음.

[3] 출석이 인정되는 온라인강의 수강 마감일. 매 온라인강의를 수강한 후에는 관련 온라인퀴즈를 풀기 바람. 퀴즈 점수는 무시하고 퀴즈 모든 문제를 풀었는지 여부만 최종 성적에 반영됨.